●複数事業に従事する人の人件費（事業間接費）は日常の経理処理において帳簿上どう計上するか？

　管理部門の人件費or共通経費などとして直接事業費とは別区分にしておき、決算時に按分すればOK。このあたりになると会計ソフトをうまくつかわないと作業が大変になります。

●按分基準は？
従事割合、収入割合など合理的な（他の人に説明できる）基準で分ければいいです。一度決めた基準を継続適用しましょう。割合ではなく基準作りの継続が大事です。その時々で決算書をよく見せるために按分基準を変えることは利益操作につながってしまいます