消費税については、NPO法人だから納税義務がない！ということはありません。納税義務は普通法人と同じようにあります。前々事業年度の課税売上高が1000万円を超えていれば納税義務が発生します。

●課税売上とは
事業として
対価を得て行う
資産の譲渡、貸付並びに役務の提供等
＊会費、寄付、補助金、助成金などのうち対価性のない収入は該当しません。その分を除いて判断しましょう。
＊委託事業や指定管理料は該当することが多いでしょう。契約書の契約金額のところに「消費税等」の文言が入っていたら課税売上です。入っていない場合は税込表示なのか実質補助金等であるのか確認しましょう。

●判定のタイミング
＊最初の2事業年度は課税事業者とはなりません（NPO法人の場合）。
＊今年度の売上が1000万円未満であっても、2事業年度前で判定します。

参考：タックスアンサー　納税義務者／消費税
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6121.htm