経理労務事務担当者から「マイナンバーをもらえなかった、どうしよう？！（＞＜）」というご相談が増えてきましたので、国税庁HPのFAQをご紹介しておきます。

・拒否された場合⇒お願いする＋その経緯の記録をとっておく（Q1-13）
・マイナンバーがなくても、税額計算は今まで通りにやってOK（Q1-14）
・マイナンバーの記載がない場合の罰則はない（Q1-15）

と、超ザックリ版です。
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Q1-13従業員からマイナンバー（個人番号）の提供を拒否された場合、どのように対応すればよいですか。

（答）

従業員等に対してマイナンバー（個人番号）の記載は、法令で定められた義務であることを伝え、提供を求めてください。
それでもなお、提供を受けられない場合は、提供を求めた経過等を記録、保存するなどし、単なる義務違反でないことを明確にしておいてください。
経過等の記録がなければ、マイナンバー（個人番号）の提供を受けていないのか、あるいは提供を受けたのに紛失したのかが判別できません。特定個人情報保護の観点からも、経過等の記録をお願いします。

Q1-14扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載がない場合、扶養控除等申告書の提出がないものとして税額を計算しなければならないですか。

（答）

扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載がない場合であっても、扶養控除等の適用の可否を判断するために必要な事項が記載されていれば、扶養控除等申告書が提出されたものとして税額計算を行って差し支えありません。

Q1-15扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）を記載させなかった場合、罰則はありますか。（平成28年5月17日更新）

（答）

扶養控除等申告書にマイナンバー（個人番号）の記載がなかった場合に罰則はありませんが、扶養控除等申告書へのマイナンバー（個人番号）の記載は法令で定められた義務であることから記載を求めるようにしてください。

（注）平成29年1月1日以後に支払を受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書について、給与支払者が一定の帳簿を備えている場合には、従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載を不要とすることができます（Q1-3-2参照）。

https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/gensen_qa.htm