船舶の建造費の続きです
国内災害時の活動ですが、
通常、地震などの大規模災害に備えて、
都道府県・市町村は、災害対策基本法に基づき、防災計画を制定しています。
その防災計画の枠組みに、病院船（医療支援船）を組み込むのです。
災害救助については、災害救助法があります。
さて、病院船（医療支援船）の運用費用の話ですが、災害対策基本法では都道府県・市町村が支払うことになっています。その費用は災害救助法では都道府県・市町村が蓄えている災害救助基金から支払うことになっています。
災害救助法＝http://www.houko.com/00/01/S22/118.HTM#s3
第33条　第23条の規定による救助に要する費用（救助の事務を行うのに必要な費用を含む。）は、救助の行われた地の都道府県が、これを支弁する。
２　第24条第５項の規定による実費弁償及び第29条の規定による扶助金の支給で、第24条第１項の規定による従事の規定による協力命令によつて救助に関する業務に従事し、又は協力した者に係るものに要する費用は、協力命令を発した都道府県知事の統轄する都道府県が、第24条第２項の規定による従事命令によつて救助に関する業務に従事した者に係るものに要する費用は、同項の規定による要求をなした都道府県知事の統轄する都道府県が、これを支弁する。

と定義されています。
病院船（医療支援船）の国内派遣の場合も運航経費により、建造費の償却に充てます。