日本の内閣府公益認定等委員会事務局など合議制機関の事務局は人格者です。また、人の子です。複雑な制度に困惑しているのは法人の皆さんだけではありません。事務局の方々も同じで、時にはいろんなことを間違えています(例えばhttps://blog.canpan.info/deguchi/archive/101)。
「おかしいな」と思ったら唯々諾々と従うのではなく、思うところを役所に素直に伝えて、役所の指導は文書で入手してください。問い合わせをすることが大事だと思います。
「行政庁に楯突いたら後で意地悪をされるのではないか」と言う方がたくさんいらっしゃいますが、この点は立証されていません。
日本は近代国家であり、行政庁の職員は、皆、人格者であるはずですから、間違いの指摘を根に持ったりする方はほとんどいないと考えることが、制度の前提となっているものと思います。
その証拠に、
行政手続法の解説を載せている総務省のFAQには以下のような文言があります。(条文は行政手続法です)
Q6 許可申請書を役所が受け取ってくれません。
A 申請書が役所に届いたら、役所は遅滞なく審査を開始することになっています。つまり、申請を受け取らない、受け取っても放置しておく、申請書を返却するなどの取扱いをしてはいけないことになっていますので、その旨を役所にはっきりと説明してください。 なお、申請書に記載漏れがあるなど形式的な不備がある場合、不備を正すよう求める補正として申請書が返却されるときもありますが、この場合であっても、申請そのものがなかったことにはなりません。(第7条)
問い合わせをしたら不利な扱いになるということはどこにも出てきません。
迷信です。
行政庁が何度も繰り返し間違えるのは、彼ら自身がその間違いに気が付かないからです。公益法人の一言が制度を良くしていきます。公益法人が発言し続けることこそ、民の公益の増進に繋がります。