日本財団がフィリピンの日系人に対する支援を行う際に、政府の直接的な関与が目立たない形で進められている理由として、以下の点が挙げられます。

1. **歴史的な背景と国内世論**:
- 日本とフィリピンの戦争中の歴史や戦後の複雑な関係が背景にあります。日本政府がフィリピンの日系人を直接支援することは、国内外で過去の戦争責任や占領時の行為を再び問い直される可能性があり、国内世論が分裂するリスクがあります。特に、国内では戦後補償の問題や他国との戦後処理に対する感情が複雑であるため、政府は表立った支援を避けることがあり得ます。

2. **外交的な配慮**:
- 日本がフィリピンに対して直接的な支援を行うことが、外交上の微妙な問題を引き起こす可能性があります。フィリピン政府との関係を損なわないように、支援を民間の公益法人に任せることで、外交的な摩擦を避けることができます。

3. **財政的な透明性と政府のイメージ**:
- 政府が直接支援を行う場合、その財政的な透明性や資金の使途に対する厳しい監視が求められます。支援を日本財団のような団体に任せることで、政府のイメージを保ちながらも、より柔軟で迅速な支援活動が可能となります。これにより、政府が批判されるリスクを軽減できるメリットがあります。

4. **政策の一貫性と分担**:
- 日本政府は、国内外で多くの課題に対応する必要があり、すべての問題に対して直接関与することが難しい場合があります。こうした中で、日本財団のような組織に一部の支援活動を委ねることで、政策の一貫性を保ちながらも、専門的かつ効果的な支援を行うことが可能となります。

5. **過去の移民政策との関連**:
- フィリピンの日系人に対する支援が、過去の移民政策や戦争責任に関連する問題であるため、政府が直接関与することで、これらの問題が再浮上することを避ける意図があります。日本財団を通じて支援を行うことで、過去の問題を再び掘り起こさずに、現実的な支援を提供することが可能となります。