「港（みなと）」は、「船舶が安全に停泊できるようにした所」（『大辞林 第三版』）です。
この「港」、別の漢字で「湊」とも書きます。
もちろん、意味は同じです。

『古事記』や『万葉集』という古代の文献では、「水門」と書いて「みなと」と読む語がみられます。
文字通り、河口や海の出入り口を指すもので、「港」の語源とも考えられており、文脈から「港」そのものと考えられるものもあるそうです。

また、平安時代の辞書として知られている『和名類聚抄（わみょうるいじゅしょう）』には、「津（つ）」・「済（わたり）」・「泊（とまり）」という「港」に関連する語もみられます。

今も地名として、「津」・「大津」・「御津」・「船津」・「国府津」・「塩津」・「唐津」や「泊」・「寺泊」・「大泊」などがあり、多くは「港」や水運に関連した地名と考えられています。

もちろん、すべてが「港」や水運に由来するものではありませんが、このような地名が海岸線の変化などにより、今はなくなってしまった（埋れてしまった）「港」の位置を推定する重要な資料にもなっています。

「波止場（はとば）」や「波止（はと）」なども「港」をしめします。

このほかにも「港」を意味する語は、たくさんあります。

地形・考古資料そして地名を手がかりとして、今はなくなってしまった古代の「港」を追求した書籍として、千田稔著『埋もれた港』（小学館ライブラリー139．2001年）があります。
残念ながら、現在は品切れのようです。
図書館にはあると思いますので、少し専門的ですが、興味があるかたは読んでみてください。